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大批官员的落马，导致本就缺人的朝廷，出现了许多的空位。
尤其是是五品以下的朝官，可以说所剩无几，甚至于六科的官员加起来都只有五个了。
朱由校也正好借着这次机会，开始将皇明学院，以及北直隶学堂的学子贡生，安排进了朝廷。
随后便开始了着手制度的改革。
羽林军的后勤司和参谋司，正式成为了朝廷的衙门，不只是军队中的编制了。
并正式成立了军部，与六部一样独立出来，直接对皇帝负责。
规章制度以及军权的划分也非常细致。
兵部的兵权正式被剥夺，从此以后，兵部再也没有管辖军队的权力，包括武举以及练兵权。
基本上是恢复到了洪武年间的规划，兵部只有核实军功，以及对于军队增减规划的权力。
其它的则都被划分给了军部，军部的官员也不在是文官担任，而是由立有战功，老成稳重的武将来担任。
并且效彷了汉朝的重号将军制度，凡是在军部任职的，都会挂上新增的前后左右称号的将军印。
官职定为正二品，与六部的尚书相比，不管是职责还是地位，都是相当的。
同时也刚好是四个人，同等地位同等权力，防止像内阁一样，搞出个首辅次辅的先后顺序来，一家独大。
当然了，他们也是没有兵权的，他们就类似于内阁一般，专门协助辅左皇帝，处理军队以及国防等诸多事务。
相当于皇帝的军事秘书，只有参议权而没有决定权。
而参谋司和后勤司，也是划归给了军部管辖。
户部拨发的军费钱粮，直接与后勤司进行对接，不在经过兵部之手，一定程度上保证了贪污最小化。
更重要的是，文官与武将之间的关系，不在是上下级了，而是平等的。
不管是边军，还是名存实亡的五军都督府，直接隶属于军部节制管辖。
众所周知，自诩清高的文官士大夫们，向来是瞧不起武将的。
朱由校这样的安排，也是怕武将们领着兵马在外面拼命，后勤得不到保障。
军队被文官们利用职权或是一些名义，卡着脖子的事，历朝历代都是有的。<
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